阴茎的大小主要是受遗传因素的影响，真性男性阴茎短小症是多见于先天性，少数为后天的。先天症的有睾丸发育不全症又称克氏综合症。这类病人，身材高大而阴茎却短小，睾丸小，阴茎虽能勃起，且具有性欲、射精和遗精等正常性功能，但由于睾丸不能产生精子，所以排出的精液中无精子，因而无生育能力。先天性小睾丸症，阴茎也短小，由于睾丸分泌男性激素不足，因而缺乏性欲和正常性功能，虽然可以使用睾丸酮来治疗，但只能增强性功能，而不能生育。先天性真性男性阴茎短小目前仍无治疗方法。后天性的阴茎短小，主要因睾丸痿缩引起，如：长其从事超声、微波、放射线、高温等作业的男性，青春期前腮脉炎合并睾丸寒，长期食用粗制棉籽油等，均可引起睾丸痿缩。后天性真性男性阴茎短小症的睾丸分泌雄激素功能正常，性染色体也正常，主要是精子生成障碍而引起不育症，但并不影响生殖器官及第二性征的发育，也不影响正常的性欲和性功能。后天性的真性男性阴茎短小症，经过治疗或避免损伤，睾丸功能的工作，是可能逐步得以恢复的。
正常成人阴茎长度
我国正常成人阴茎长度，常态下最长为12厘米，最短3.5厘米，平均7.1厘米；勃起时最长为18厘米，最短为7厘米，平均为12.4厘米。常态下最大周长为11厘米，最小周长为5.5厘米，平均为8.1厘米，勃起最大周长为14.5厘米，最小周长为8厘米，平均11.1厘米。
有关阴茎短小的问题有几个误区，其中最主要的是：有不少的人（包括男性和女性）都认为，常态下阴茎的长短是很重要的。其实，常态下阴茎的长短对于性功能的评估似乎没有太大的现实意义，也不能作为评价阴茎功能的主要指标。所以，并不是常态下越长就越好。世界卫生组织的医学专家们指出：真正的标准应该是以勃起的效率为标准来评价阴茎的功能大小，阴茎勃起后的膨胀系数通常为100％—150％。
从现代医学科学的观点来看，阴茎的长短和粗细与性生活的质量有一定的关系。但是，并非起决定性的作用。在阴茎有一定长度的情况下，性生活的美满程度主要取决于性交当事人双方当时的心理状态、彼此的情感交流及体力和精神状态。有的时候，也与双方所选择的地点、性交方式、体位等因素有关。
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